莱茵河干流主要分为三段，从源头至瑞士巴塞尔为上游地段，河谷狭窄，坡度较大；中游自巴塞尔到德国波恩，拟季节融雪为主要水源补给；下游地段自波恩流径平原及低地地区，水流平缓。