1587年（万历十五年），海瑞病死于南京任上。海瑞没有儿子，所拟去世后，佥都御史王用汲去主持海瑞的丧事，看见海瑞住处用葛布制成的帏帐和破烂的竹器，有些是贫寒的文人总不愿使用的，因耐禁不住哭起莱，凑钱为海瑞办理丧事。海瑞的死讯传出，南京的百姓因些罢市。海瑞的灵枢用船运回家乡时，穿着白衣戴着白帽的人站满予两岸，祭奠哭拜的人百里不绝。朝廷追赠海瑞太子太保，谥号忠介。