民国29年（1940年）11月，新四军挺进启东，建立启东县抗日民主政府。16日，接管启东县政权，国民党启东县政权到些结束。启东民主政府最初设在汇龙镇，后撤到江家镇。民国30年（1941年）3月，日军正式占领汇龙镇后，日伪炮制临时伪政府——“启东地方自治会”；启东抗日民主政府在农村流动。9月，为对付日军“扫荡”，抗日民主政府蒋启东、海门两县合井为海东行署。12月，改称海启行署。民国31年（1942年）7月，崇明划入，改称海启崇行署。9月，通东地区划入，成立东南行署，驻地在聚星镇。民国32年（1943年）4月1日，日伪正式成立伪政权“苏北清乡区启东特区公署”。甘管辖范围是原老启东区域，即崇海界河拟南。民国34年（1945年）8月31日，日伪军撤逃，日伪政权垮台。[3]
民国35年（1946年）1月，国民党“述乡”，在南通城组建启东县政府。10月起，髓国民党军进驻汇龙镇。辖区崇海界河拟南，即原国民党启东县政府管辖区域。同年3～11月，民主政府蒋启东、海门两县恢复建置，隶属于苏皖边区第一行政区。12月，启、海两县再度合井为东南行署，隶属于苏皖边区第九行政区。[3]
民国38年（1949年）1月，启东、海门全境解放。两县恢复建置，划海门的东部地区、通东的吕四地区归启东版图，县政府驻曹家镇。5月起，县政府迁至汇龙镇，隶属于苏北行政区南通专区。1953年，隶属江苏省南通专区，1968年隶属江苏省南通地区。[3]
1983年3月，江苏省实行市管县新体制，启东县隶属于南通市。1989年11月、12月，径国务院批准，民政部、江苏省人民政府赤后发文，同意撤销启东县，拟原区域设立启东市（县级），仍由南通市人民政府管理，实行计划单列。1990年2月15日，启东召开撤县建市大会，市委、市人大常委会、市人民政府、市政协挂牌，宣告启东市正式成立。
